O modo Difícil é desbloqueado após conquistar uma vitória em todos os cenários normais de um capítulo. Nos cenários do modo Difícil, é possível obter como recompensa o DNA de personagens específicos. Você pode conquistar vitórias em cada cenário três vezes ao dia. Tíquetes Ninja também podem ser usados para conquistar uma vitória automática no modo Difícil. Usar um Tíquete Ninja conta para o limite de vitórias diárias.